L'E2C fonctionne en relation avec des partenaires multiples :

Les partenaires financiers de l'école

L'E2C 90 est financée à 100% par des subventions publiques nationales et européennes.

Les financements publics nationaux sont apportés par :
  Le Conseil Régional de Franche Comté
  La Ville de Belfort
  Le Conseil Général du Territoire de Belfort
  L'Etat (Préfecture du Territoire de Belfort)

Les financements publics européens sont apporté par :
  Le Fonds Social Européen

Le soutien financier de ces institutions publiques est une condition vitale pour la pérennité de l'E2C 90.
De puis fin 2007, l'E2C 90 est aussi habilitée à percevoir des versements des exonératoires
de la taxe d'apprentissage.

D'autres partenaires privés comme la Caisse d'Epargne de Bourgogne et de Franche Comté ont accepté de financer certains équipements pédagogiques de l'école, notamment une salle informatique pédagogique.

La Fondation des Ecoles de la Deuxième Chance a également apporté sa contribution à un projet favorisant la mobilité des jeunes.

Les institutions partenaires de la formation et du suivi social des jeunes :

Comité de réflexion et développement

Ce comité réunit les diverses institutions publiques ou privées, et toute personne physique qualifiée, associées au lancement de l'école ou intéressées par le projet qu'elle met en oeuvre. Il est chargé de suivre le déroulement du projet de l'école, de donner un avis et des conseils sur les résultats et l'évolution stratégique du programme de formation. Il est également compétent pour suivre le déroulement du parcours des jeunes. Il est consulté sur les décisions individuelles les concernant. La composition de ce comité est ouverte et a vocation progressivement à associer à ses travaux des représentants des entreprises qui sont impliquées dans l'accueil des stagiaires de l'école.

Partenariat avec plus de 250 entreprises du Territoire de Belfort et de L'aire urbaine

Les entreprises engagées au côté de L'E2C
Les stages pratiques en entreprise
Depuis sa création l'école a pu travailler avec plus de 250 entreprises qui ont accueilli en stage une ou plusieurs fois des jeunes de l'école, (près de 600 sessions de stages).

La pratique de l'alternance école/entreprise renforce l'intégration des jeunes auprès des entreprises par étapes successives :
- Stages d'immersion
- Stages de découverte de métiers et filières ou de confirmation de projet professionnel
- Stages de développement de compétences
- Stages de formation

Environ 50% des stages se sont déroulés dans le secteur du commerce et de la distribution : hypermarchés, grands magasins, secteur du commerce et de l'habillement.

30% des stages ont lieu dans l'aide à la personne, petite enfance et animation, dans l'hôtellerie restauration, dans le Bâtiment.

Les 20% restant son répartis entre une dizaine d'autres activités de services parmi lesquelles on peut citer la réparation automobile, l'industrie, la coiffure et l'esthétique. L'école a développé une action ciblée avec Auchan de validation des compétences des jeunes s'orientant dans les métiers de la distribution.

Diversification des choix d'orientation professionnelle 
Des rencontres sont organisées avec des représentants de plusieurs secteurs professionnels de l'hôtellerie restauration, de l'industrie et de l'aide à la personne consistant en l'accueil par les jeunes à l'école de professionnels de ces métiers prêts à leur faire découvrir les différents aspects de l'exercice de leur profession et à les informer sur les perspectives d'emploi qui leur sont ouvertes.